Africa

Natura (2023) Cita questo articolo

273 Altmetrico

Dettagli sulle metriche

L’HIV-1 rimane una crisi sanitaria globale1, evidenziando la necessità di identificare nuovi bersagli per le terapie. Qui, dato il carico sproporzionato dell’HIV-1 e la marcata diversità del genoma umano in Africa2, abbiamo valutato i determinanti genetici del controllo della carica virale set-point in 3.879 persone di origine africana che vivono con l’HIV-1 che partecipano alla collaborazione internazionale per la genomica dell’HIV-1. HIV3. Identifichiamo un segnale di associazione precedentemente non descritto sul cromosoma 1 dove la variante di picco si associa a circa 0,3 copie trasformate log10 per ml di carica virale di set-point inferiore per copia allelica minore ed è specifica per le popolazioni di discendenza africana. La variante più associata è intergenica e si trova tra un lungo RNA intergenico non codificante (LINC00624) e il gene codificante CHD1L, che codifica per un'elicasi coinvolta nella riparazione del DNA4. I test di infezione nei macrofagi derivati ​​da cellule iPS e in altre linee cellulari immortalizzate hanno mostrato un aumento della replicazione dell'HIV-1 nelle cellule CHD1L-knockdown e CHD1L-knockout. Forniamo prove da studi genetici sulla popolazione che la variazione genetica specifica dell'Africa vicino a CHD1L si associa alla replicazione dell'HIV in vivo. Sebbene studi sperimentali suggeriscano che CHD1L sia in grado di limitare l’infezione da HIV in alcuni tipi di cellule in vitro, sono necessarie ulteriori indagini per comprendere i meccanismi alla base delle nostre osservazioni, inclusi eventuali effetti indiretti di CHD1L sulla diffusione dell’HIV in vivo che i nostri test cellulari non possono ricapitolare.

Questa è un'anteprima dei contenuti in abbonamento, accessibile tramite il tuo istituto

Accedi a Nature e ad altre 54 riviste Nature Portfolio

Ottieni Nature+, il nostro abbonamento con accesso online dal miglior rapporto qualità-prezzo

$ 29,99 / 30 giorni

annullare in qualsiasi momento

Iscriviti a questo diario

Ricevi 51 numeri cartacei e accesso online

$ 199,00 all'anno

solo $ 3,90 per numero

Noleggia o acquista questo articolo

I prezzi variano in base al tipo di articolo

da $ 1,95

a $ 39,95

I prezzi possono essere soggetti a tasse locali calcolate durante il checkout

L’accesso ai dati di genotipizzazione a livello individuale è limitato ai ricercatori delle istituzioni che aderiscono alla Collaborazione internazionale per la genomica dell’HIV (ICGH) firmando l’accordo di collaborazione ICGH, ottenibile su richiesta ([email protected]). A causa della natura altamente sensibile della diagnosi dell’HIV di tutti i partecipanti allo studio, il rischio associato a una potenziale reidentificazione è stato ritenuto molto elevato dagli IRB, impedendo una più ampia condivisione dei dati a livello individuale. Le statistiche riassuntive GWAS sono depositate nel catalogo NHGRI-EBI degli studi di associazione sull'intero genoma umano (https://www.ebi.ac.uk/gwas/home) con il numero di accesso GCST90269914. I dati RNA-seq sono disponibili presso NCBI (PRJEB18581) e i risultati eQTL sono disponibili su GitHub (https://github.com/smontgomlab/AFGR).

Dati UNAIDS 2021 (UNAIDS, 2021); https://www.unaids.org/en/resources/documents/2021/2021_unaids_data.

Gurdasani, D., Barroso, I., Zeggini, E. & Sandhu, MS Genomica del rischio di malattia in popolazioni globalmente diverse. Naz. Rev. Genet. 20, 520–535 (2019).

Articolo CAS PubMed Google Scholar

McLaren, PJ et al. Studio di associazione tra varianti genetiche comuni e acquisizione dell'HIV-1 in 6.300 casi infetti e 7.200 controlli. PLoS Pathog. 9, e1003515 (2013).

Articolo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Ahel, D. et al. Regolazione poli(ADP-ribosio)-dipendente della riparazione del DNA da parte dell'enzima di rimodellamento della cromatina ALC1. Scienza 325, 1240–1243 (2009).

Articolo ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Rapporto sul divario nella prevenzione (UNAIDS, 2016).

Mellors, JW et al. La quantificazione dell'RNA dell'HIV-1 nel plasma predice l'esito dopo la sieroconversione. Anna. Stagista. Med. 122, 573–579 (1995).